あるタンパク質は 1 本のポリペプチド鎖からなり、分子量は である。このタンパク質を構成するアミノ酸の平均分子量を とし、タンパク質の分子量はアミノ酸の数 アミノ酸の平均分子量で表されるものとする。
このタンパク質を指定する mRNA のうち、開始コドンから終止コドンまで(両端のコドンを含む)の塩基数を求めよ。ただし、開始コドンは 1 個のアミノ酸を指定し、終止コドンはアミノ酸を指定しないものとする。また、翻訳されたポリペプチド鎖からアミノ酸が取り除かれることはないものとする。
コドンが 3 塩基で 1 アミノ酸を指定することから、アミノ酸の数(タンパク質の分子量 アミノ酸の平均分子量)と、開始コドンから終止コドンまでの mRNA の塩基数 を相互に求められる
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mRNA の塩基は 3 個ずつの組(コドン)で読まれ、1 つのコドンが 1 つのアミノ酸を指定します。このことを使うと、タンパク質の分子量からアミノ酸の数を求め、さらにそのタンパク質を指定する mRNA の、開始コドンから終止コドンまでの塩基数を求められます。逆に、mRNA の塩基数からできるタンパク質のアミノ酸数や分子量も求められます。
前提で学んだように、翻訳ではリボソームが mRNA の上を開始コドン(AUG)から 3 塩基ずつ進み、コドンに対応するアンチコドンをもつ tRNA が運んできたアミノ酸を 1 個ずつつないでいきます。つまり「コドン 1 個 ↔ アミノ酸 1 個」の対応です。開始コドン AUG もメチオニンを指定するので、アミノ酸 1 個として数えます。一方、終止コドン(UAA・UAG・UGA)に対応する tRNA はなく、終止コドンのところで翻訳が終わるので、終止コドンはアミノ酸を指定しません。
したがって、アミノ酸が 個のタンパク質をつくるには、アミノ酸を指定するコドンが 個と、最後に終止コドンが 1 個必要です。コドンは 3 塩基なので、開始コドンから終止コドンまでの mRNA の塩基数は
になります。
アミノ酸の数は、タンパク質の分子量を、アミノ酸 1 個あたりの平均分子量で割れば求められます。アミノ酸どうしがつながるときには水がとれますが、問題では「平均分子量」としてその分を含めた値が与えられたり、「水がとれることは考えない」と指示されたりするので、問題文の指示どおりに
と計算します。
タンパク質の分子量とアミノ酸の平均分子量から、アミノ酸の数を求める:
アミノ酸を指定するコドンの数を 個とする(開始コドンも 1 個のアミノ酸として数える)
終止コドン 1 個を加え、コドンの数を 個とする
コドン 1 個が 3 塩基なので、開始コドンから終止コドンまでの mRNA の塩基数を とする
逆向きのときは、塩基数を 3 で割ってコドンの数を出し、終止コドンの 1 個を引いてアミノ酸の数とし、必要なら平均分子量をかけて分子量を求める
あるタンパク質の分子量は 33000 である。このタンパク質を構成するアミノ酸の平均分子量を 110 とし、アミノ酸がつながるときに水がとれることは考えないものとする。また、このタンパク質は、開始コドンが指定するアミノ酸も含めて、mRNA の開始コドンから終止コドンの直前までのコドンが指定するアミノ酸がすべてつながってできているものとする。このタンパク質を指定する mRNA の、開始コドンから終止コドンまで(両端のコドンを含む)の塩基数を求めよ。
手順 1:アミノ酸の数は
手順 2:アミノ酸を指定するコドンは、開始コドンを含めて 300 個。
手順 3:終止コドン 1 個を加えて、コドンは 個。
手順 4:1 コドンは 3 塩基なので、塩基数は
よって、903 塩基。
答え:
終止コドンを数え忘れて としてしまう誤り。正しくは、終止コドンはアミノ酸を指定しないがmRNA 上には 3 塩基あるので、開始コドンから終止コドンまでは 。 なら ではなく
開始コドンをアミノ酸を指定しないコドンとして扱い、 としてしまう誤り。正しくは、開始コドン AUG はメチオニンを指定するので、アミノ酸 個の中に含まれている
mRNA の塩基数から逆算するとき、3 で割った値をそのままアミノ酸の数にしてしまう誤り。正しくは、 はコドンの数で、終止コドンの 1 個を引いた がアミノ酸の数(例:903 塩基なら 個)
mRNA の塩基数を求めるのに、2 本鎖 DNA の塩基数( 倍)や、スプライシングで取り除かれるイントロンの分まで含めてしまう誤り。正しくは、翻訳されるのはスプライシング後の 1 本鎖の mRNA で、コドンとして読まれる部分だけを と数える
この説明は AI が書き、別の AI が例題を独立に解いて答えを確かめ、説明を一歩ずつ査読しました。
ある細胞で、1 本のポリペプチド鎖からなるタンパク質 P が合成されている。タンパク質 P の分子量は 41800 であり、タンパク質 P を構成するアミノ酸 1 個あたりの平均の分子量は 110 とみなせるものとする。ただし、アミノ酸どうしがペプチド結合でつながるときに失われる水の質量は考えず、タンパク質 P の分子量は、構成するアミノ酸の平均の分子量 110 をアミノ酸の数だけ足し合わせたものに等しいとみなす。
タンパク質 P の mRNA について、開始コドンの最初の塩基から終止コドンの最後の塩基までに含まれる塩基の数を求めよ。ただし、次のことを前提とする。
ある生物の細胞で、次のアミノ酸配列をもつペプチドが合成されている(左が N 末端側)。
メチオニン-アラニン-リシン-セリン-アラニン-トリプトファン-グリシン
このペプチドは、mRNA の開始コドン AUG(メチオニンを指定する)から翻訳が始まり、グリシンを指定するコドンのすぐ次にある終止コドンで翻訳が終わって合成される。この生物の遺伝暗号では、各アミノ酸を指定するコドンの種類の数と終止コドンの種類の数は次の表のとおりである。
| アミノ酸など | 指定するコドンの種類の数 |
|---|---|
| メチオニン | 1 |
| アラニン | 4 |
| リシン | 2 |
| セリン | 6 |
| トリプトファン | 1 |
| グリシン | 4 |
| 終止コドン | 3 |
この mRNA のうち、開始コドンの最初の塩基から終止コドンの最後の塩基までの領域(翻訳領域)について、その塩基数と、その塩基配列として考えられるものの種類の数を、この順に組で求めよ。ただし、翻訳領域の途中に終止コドンは含まれず、コドンは重なりなく 3 塩基ずつ連続して読まれるものとする。
ある二倍体の真核生物 X について、次の観察・測定の結果が得られた。
| 項目 | 結果 |
|---|---|
| 体細胞分裂の 期の細胞 1 個の核に含まれる DNA | 塩基対 |
| X のタンパク質 1 分子(1 本のポリペプチド鎖)の平均の分子量 | |
| アミノ酸 1 個あたりの平均の分子量(ペプチド結合で失われる水の分を差し引いた値) | |
| 成熟した mRNA のうち、アミノ酸を指定する領域(翻訳領域)が占める割合(長さの割合) | |
| 遺伝子 1 個あたりのイントロンの数(平均) | 個 |
| イントロン 1 個あたりの長さ(平均) | 塩基対 |
| ゲノム全体のうち、すべての遺伝子の翻訳領域の合計が占める割合 |
ここで、ゲノムとは X の配偶子(生殖細胞)1 個がもつ 1 組の DNA 全体を指す。また、次のように考えるものとする。
X のゲノムに含まれる遺伝子の数と、ゲノム全体のうち遺伝子領域の合計が占める割合 [%] を、この順に求めよ。